先に新決済システム(PaymentApp)をインストールして有効化した後に、旧決済システム(HPSDK)を無効化しても問題ございません。
一時的に購入者様には「決済手段名-SBPS」と「決済手段名-SBPS」の２つの決済手段が表示されますが、どちらも問題はなく処理は可能でございます。